Cách đây 50 năm, ngày 10 tháng 7 năm 1966, trên vùng đất cao nguyên Mộc Châu, Bệnh viện Nông trường Mộc Châu (nay là Bệnh viện Đa khoa Thảo Nguyên) được thành lập, nhằm đáp ứng yêu cầu chăm sóc sức khỏe nhân dân và phục vụ sản xuất, chiến đấu trên địa bàn.

Tiền thân của Bệnh viện từ một Bệnh xá quân đội, thuộc Trung đoàn 280, Sư đoàn 335, Bộ Quốc phòng chuyển về xây dựng khu kinh tế Mộc Châu từ năm 1958; đến năm 1960 được chuyển thành Bệnh xá Nông trường Mộc Châu. Trước yêu cầu công tác bảo vệ, chăm sóc sức khỏe cho nhân dân, phục vụ sản xuất và chiến đấu, ngày 21/4/1966, Bộ Nông nghiệp ra quyết định chuyển Trạm xá Nông trường thành Bệnh viện Nông trường Mộc Châu và ngày 10/7/1966, Bệnh viện nông trường Mộc Châu chính thức được thành lập. Bệnh viện được xây dựng với quy mô 60 giường bệnh, trực thuộc Bộ Nông nghiệp quản lý. Ngày đầu thành lập chỉ có 5 y sỹ, 1 số y tá, hộ sinh, hộ lý làm việc ở 4 khoa gồm: Nội - Ngoại - Sản - Nhi.

Trong mỗi giai đoạn lịch sử, với tinh thần đoàn kết, không quản ngại khó khăn gian khổ, tập thể lãnh đạo, cán bộ y, bác sĩ, nhân viên Bệnh viện luôn hoàn thành trọng trách của mình. Những năm tháng mới thành lập, dù cơ sở vật chất, trang thiết bị y tế thiếu thốn, máy bay Mỹ bắn phá ác liệt, nhưng với tinh thần làm việc “ngày không giờ”, “tuần không thứ”, nhiều đồng chí đã quên mình băng qua lửa đạn để băng bó vết thương, cấp cứu bệnh nhân. Khi đất nước thống nhất, trong thời kỳ bao cấp dù cơ sở vật chất, nhà làm việc, nhà điều trị còn nghèo nàn, lạc hậu, nhưng Bệnh viện đã phối hợp với các bệnh viện lớn của Trung ương trong đào tạo, hỗ trợ chuyên môn và chuyển giao các kỹ thuật mới để nâng cao năng lực chuyên môn của bệnh viện. Bước vào thời kỳ đổi mới, Bệnh viện được Bộ NN&PTNT, tỉnh Sơn La quan tâm đầu tư xây dựng phòng khám, khu nhà điều trị, nhà kỹ thuật, nhà hành chính dược và mua sắm nhiều trang thiết bị y tế, xe cứu thương... phục vụ công tác khám, chữa bệnh. Từ năm 2005, Bệnh viện được bàn giao từ Bộ NN&PTNT về tỉnh Sơn La quản lý và năm 2009, Bệnh viện được đổi tên thành Bệnh viện Đa khoa Thảo Nguyên huyện Mộc Châu trực thuộc Sở Y tế Sơn La. Bệnh viện Đa khoa Thảo Nguyên được xếp hạng III, là đơn vị sự nghiệp y tế tuyến huyện. Năm 2015, Bệnh viện được giao chỉ tiêu 190 giường bệnh với biên chế 134 CBVC (thực hiện 156 hợp đồng), trong đó, có 1 thạc sỹ, 8 chuyên khoa cấp I, 28 bác sỹ, 12 cán bộ có trình độ đại học chuyên ngành khác, 12 cán bộ có trình độ cao đẳng... Bệnh viện được tổ chức thành 12 khoa, 4 phòng chức năng.

Với chiến lược phát triển lâu dài, Bệnh viện luôn quan tâm đào tạo nguồn nhân lực, đội ngũ y, bác sỹ thường xuyên được đào tạo, đào tạo lại, đào tạo các chuyên khoa sâu từ sơ bộ đến CKI; đến nay, hầu hết cán bộ chủ chốt của bệnh viện có trình độ chuyên môn sau đại học. Bên cạnh đó, Bệnh viện chủ động cử các kíp phẫu thuật, thủ thuật về các bệnh viện Trung ương để tiếp thu các kỹ thuật mới. Việc phối hợp thuốc, sử dụng các tiến bộ kỹ thuật, thiết bị y tế hiện đại được ưu tiên áp dụng đã giúp cho việc chẩn đoán và điều trị đem lại hiệu quả cao, hạn chế chuyển bệnh nhân lên tuyến trên, giảm chi phí cho người bệnh. Nhiều ca bệnh nặng được chữa khỏi, như: Gãy nhiều xương, chấn thương sọ não, vết thương sọ não hở, vỡ gan, lách, tụy, thận, thủng ruột... Thực hiện nhiều ca phẫu thuật khó, điều trị nhiều bệnh lý phức tạp, như: Bệnh phổi mạn tính tắc nghẽn; ngộ độc thuốc trừ sâu; suy tim; viêm màng não; shock nhiễm khuẩn... Công tác khám và điều trị y học cổ truyền được triển khai hiệu quả, kết hợp điều trị giữa y học hiện đại với y học cổ truyền đạt hiệu quả cao; đặc biệt là các phương pháp điều trị không dùng thuốc như xoa nắn bấm huyệt, siêu âm điều trị, châm cứu, hồng ngoại, kéo giãn cột sống... Các hoạt động cận lâm sàng đã triển khai thành công và đem lại hiệu quả cao trong các kỹ thuật chẩn đoán hình ảnh, như: Chụp phim X-Quang kỹ thuật số, siêu âm 4D, kỹ thuật nội soi chẩn đoán ổ bụng tiêu hóa... Các trang thiết bị như máy sinh hóa máu, máy xét nghiệm sinh hóa nước tiểu tự động hoàn toàn... Công tác dược, công tác chống nhiễm khuẩn được Bệnh viện quan tâm chỉ đạo, góp phần quan trọng trong khám, chữa bệnh và nâng cao chất lượng và hiệu quả điều trị tại bệnh viện. Công tác nghiên cứu khoa học luôn được chú trọng, nhiều đề tài được công nhận áp dụng hiệu quả trong thực tiễn; thường xuyên cử đoàn cán bộ của Bệnh viện trực tiếp xuống trạm y tế xã tổ chức khám, chữa bệnh, tư vấn sức khoẻ và cấp phát thuốc miễn phí cho các đối tượng chính sách, người cao tuổi, người có công với cách mạng và trẻ em dưới 6 tuổi...

Trải qua các thời kỳ lịch sử, Bệnh viện Đa khoa Thảo Nguyên đã giành được nhiều kết quả quan trọng, đã khẳng định vai trò lãnh đạo toàn diện của Chi bộ Bệnh viện đối với hoạt động của đơn vị. Từ ngày đầu thành lập, đảng viên phải sinh hoạt ghép, đến nay Chi bộ Bệnh viện đã có 32 đảng viên. Chi bộ luôn coi trọng công tác giáo dục chính trị tư tưởng, nâng cao phẩm chất đạo đức, rèn luyện tác phong, lối sống lành mạnh, giản dị, nâng cao y đức của người thầy thuốc; nêu cao vai trò tiên phong gương mẫu của đảng viên trong hoạt động chuyên môn nghiệp vụ, phát huy vai trò của các tổ chức đoàn thể trong việc vận động cán bộ, đoàn viên đẩy mạnh việc học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh; thực hiện tốt các phong trào thi đua yêu nước, lao động sáng tạo, chăm lo đời sống cho đoàn viên... Chi bộ nhiều năm liên tục giữ vững Chi bộ trong sạch, vững mạnh; Công đoàn cơ sở và Đoàn thanh niên đạt danh hiệu vững mạnh xuất sắc; Bệnh viện được công nhận là đơn vị văn hóa hằng năm. 

50 năm xây dựng, phát triển và trưởng thành, Bệnh viện Đa khoa Thảo Nguyên luôn nhận được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ Nông nghiệp và PTNT, của tỉnh Sơn La, Sở Y tế, cùng với sự quan tâm giúp đỡ của cấp ủy, chính quyền và nhân dân trên địa bàn hai huyện Mộc Châu, Vân Hồ. Đặc biệt là sự đóng góp to lớn của các thế hệ cán bộ, y, bác sĩ, nhân viên qua các thời kỳ, cống hiến cho sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân. Phát huy truyền thống đoàn kết, tập thể cán bộ thầy thuốc Bệnh viện Đa khoa Thảo Nguyên hôm nay quyết tâm phấn đấu đến năm 2020 và những năm tiếp theo xây dựng Bệnh viện trở thành bệnh viện hạng II, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ ngày càng cao của công tác bảo vệ và chăm sóc sức khỏe nhân dân.